1999年，15歲的尹恩惠被選入女子偶像組合Babyvox，并以組合第三張專輯《comecomecome》正式出道。
2004年尹恩惠作為SBS節(jié)目《X-MAN》的固定嘉賓，并獲“少女壯士”稱號。
2005年7月尹恩惠與“DREntertainment”經(jīng)濟公司合約到期，結(jié)束了6年的歌手生涯。同年，完成處女作電影《
圣誕出逃記》，并在2006年3月登陸影院。同年底在被選為《
宮》的主角后，簽約了新的經(jīng)濟公司EightPeakEntertainment。
2006年尹恩惠主演由人氣漫畫改編的《宮》（又名我的野蠻王妃）獲年末MBC大賞上獲得“最佳新人演員獎”；同年，首次挑戰(zhàn)鄉(xiāng)村清新愛情題材KBS的《葡萄園里的小伙兒》，憑借該劇獲得“韓國2006格萊美獎最佳女主角”。
2007年憑借韓國MBC電視臺月火連續(xù)劇《咖啡王子一號店》獲得“2007年MBC電視臺演技大賞最優(yōu)秀女演員獎”。
2008年9月，尹恩惠在與KrazeEntertainment短期合約滿后創(chuàng)立了自己的經(jīng)濟公司TheHousesCompany。從公司規(guī)劃，logo設計到公司內(nèi)部布局裝飾都由她親自參與完成。
2009年獲得韓國珠寶展“最佳珠寶小姐”榮譽。在施華洛世奇20周年活動中，設計總監(jiān)為尹恩惠特別設計了“施華洛世奇涅盤系列-尹恩惠戒指”，并作為禮物送給她，她是第一個擁有自己名字施華洛世奇戒指的亞洲明星；同年8月與尹尚鉉、文彩媛、鄭日宇等人領銜主演韓國KBS電視臺水木連續(xù)劇《拜托小姐》，2009年10月8日晚播出的《拜托小姐》大結(jié)局在韓國全國范圍內(nèi)的收視率達到了19.0%，成為了該劇開播以來最高的收視成績，奪得收視率冠軍，尹恩惠也憑此劇獲得了KBS電視臺演技大賞“最佳人氣女演員”；同年，被選為卡地亞（cartier）韓國區(qū)代表，并造訪巴黎旗艦店和工廠，拍攝宣傳日志，作為模特拍攝畫報。
2010年4月尹恩惠客串韓國電視劇《
個人取向》，與李民浩舊情難忘。同年6月成為由香港電影《
甜蜜蜜》改編的電視劇《lovesong》的女主角，但由于同年6月底男主角突然離世，導致制作無限期中斷（2011年2月，制作公司宣布正式取消《lovesong》制作計劃）；同年8月與Babyvox的4個姐姐在《金正恩的巧克力》節(jié)目中重新登臺表演當年的組合名曲。
2011年3月尹恩惠以《我的黑色小禮服》再次挑戰(zhàn)大熒幕，演繹了韓國二十幾歲時尚女性之間的友誼、愛情和生活，影片上映首周以第二位起步；同年3月，尹恩惠確認牽手國際高檔護膚及化妝品品牌雅姿，以該品牌美白系列產(chǎn)品中國區(qū)代言人身份全面進軍中國市場；同年5月與姜志煥主演韓國SBS電視臺電視劇《對我說謊試試》（原定名《甜蜜緋聞》）；同年8月，金立執(zhí)行副總裁張高賢表示，尹恩惠和阮經(jīng)天已被邀請為金立智能手機e-life系列的最新形象代言人。
2012年1月與中學蜜友服裝設計師金友珍共同創(chuàng)立了“84OVERE”時尚品牌，建立其經(jīng)紀公司TH附屬的“E+E”時尚實體店，并以她在紐約時送給金友珍的一幅繪畫作品作為品牌logo，同時她也參與設計制作相關服裝和飾品；同年3月，尹恩惠就讀于韓國中央大學高科技影像研究生院影像學系；同年9月她以導演身份帶著導演處女作《織》入圍釜山國際電影節(jié)韓國短篇競賽單元，并受邀擔任第十屆“亞洲國際短篇電影節(jié)”短片形象獎競賽單元特別評審委員；同年11月憑借與樸有天主演2012MBCTV水木劇《想你》獲得2012年度韓國MBC演技大賞中“最佳人氣女演員”和“韓流明星獎”。
2013年4月受邀出席了在越南河內(nèi)舉行的巴寶莉開業(yè)活動，且成為首次登上《時尚芭莎》越南版的韓國明星；同年5月，世界化妝品牌MAC選擇了2012年時所有大韓民國女性的美容指標，創(chuàng)造了“熱粉色口紅綜合癥”的主人公尹恩惠作為其代言人；同年8月出演韓國KBS電視臺月火劇《未來的選擇》，在劇中尹恩惠多變的造型受到觀眾的喜愛；同年10月，成為全球手提包品牌“SamanthaThavasa”韓國區(qū)的代言人，并獲得韓流十周年大賞電視劇女子部門大賞。
2014年5月，尹恩惠時隔三年重返大熒幕，友情價無片酬出演《許三觀賣血記》，原作中“林芬芳”這一角色；同年9月，韓國演員尹恩惠的個人經(jīng)紀公司THEHOUSECOMPANY正式更名為JarmyEntertainment；9月，尹恩惠在首爾新沙洞Jacob'sLadder賣場舉行慈善義賣，捐贈自己之前的收藏品，本次義賣會的全部收入都將會用在幫助少年少女家庭以及殘疾人等社會的部分弱勢群體中；同年10月，首屆“中韓青年夢享微電影展”在北京拉開帷幕，韓國女星尹恩惠是此次電影展的韓方形象大使；同年11月，尹恩惠做出了首次執(zhí)導MV的挑戰(zhàn)，參與了新人樂隊Dear.me的主打歌《一步一步》和收錄歌曲《Dear.me》的MV制作；尹恩惠確定出演中韓合拍電影《思念愛》（原名：《愛后愛》）且飾演女一號“恩紅”。
2015年1月，根據(jù)余華同名小說《許三觀賣血記》改編電影韓國上映，飾演100公斤的農(nóng)村姑娘；4月，正式出任巴黎歐萊雅品牌首位亞洲區(qū)代言人；4月下旬，加盟由東方衛(wèi)視打造的綜藝節(jié)目《女神的新衣》第二季。8月，東方衛(wèi)視《女神新裝》迎來了第二個殘酷的淘汰周，尹恩惠首次成為冠軍女神。
